Jest to nazwa topograficzna związana z florą. Kępa może oznaczać skupisko drzew lub krzewów, może być to mała wyniosłość w podmokłym, bagnistym terenie lub wysepka na jeziorze lub rzece porosła krzewami i drzewami.

W Słowniku Geograficznym miejscowość występowała jako Kępa Kłodnicka "wieś, powiat janowski, gmina Wilkołaz, parafia Ratoszyn. Leży nad rzeką przy trakcie z Bełżec do Urzędowa. Obok Kłodnica i Janów. Folwark Kępa z attyneucyną Albertów i Podwale rozległy m. 880, grunta orne i ogrody m. 491, łąk m. 27, lasu m. 342, nieużytki i place m. 20, budynki murowane 2, drewniane. 7, płodozmian 7 i 10-polowy, pokłady kamienia wapiennego opoki: wieś Kępa osad 22 , z gruntem m. 234". Wieś pańszczyźniana, należąca do właściciela dóbr w Kępie Zawidzkiego- nazywanego pułkownikiem polskim. W 1855 r. Kępę i Kłodnicę Dolną odziedziczył uczestnik powstania styczniowego, Feliks Piasecki - wojenny Naczelnik Powiatu zamojskiego o pseudonimie "deValois", który został aresztowany i osadzony w więzieniu we Lwowie. Prawdopodobnie majątek Feliksa Piaseckiego został skonfiskowany za udział w powstaniu i sprzedany na licytacji Węglińskiemu, który był właścicielem do 1889 r., następnie rozparcelował majątek. Część sprzedał kolonistom z Małopolski, drugą zaś odsprzedał ostatnim właścicielkom Kępy: Bronisławie i Zuzannie Janiszewskim. Przez 31 lat do 1920 r. obie panie zarządzały majątkiem, a z powodu podeszłego wieku oddały go w dzierżawę Klemensowi Lakutowiczowi, który dzierżawił majątek do ich śmierci.

Dwór w Kępie był modrzewiowy, kryty gontem i częściowo skryty w krzakach dzikiego bzu. Od strony zachodniej był podjazd pod mały ganek z wielkim klombem i świerkami. Od wschodniej znajdowały się dwa stawy.

W 1944 r. na mocy dekretu PKWN o reformie rolnej działka wraz z budynkami została przekazana władzom szkolnym. W czerwcu 1946 r. budynek dworu spłonął. Później na jego miejscu została wybudowana szkoła podstawowa oraz boisko sportowe.